Microbiote: qu’est-ce que c’est et quelles sont ses fonctions?

De nombreux tissus du corps humain ont une série de micro-organismes à leur surface connue sous le nom de microbiote. Tous remplissent de multiples fonctions d'une importance vitale et peuvent être modifiés par des facteurs externes.

Au niveau du tractus gastro-intestinal, l’une des principales surfaces d’échange majeur du corps s’étend. Cette surface permet l’absorption des nutriments ingérés et la défense contre les agents nocifs. Le microbiote participe activement à ces processus, voulez-vous en savoir davantage sur ses fonctions?

D’un point de vue immunitaire, tous les micro-organismes sont considérés comme des agents pathogènes et doivent être éliminés du système. Cependant, au niveau gastro-intestinal et dans d’autres tissus, nous pouvons trouver un grand nombre de micro-organismes qui ont évolué et développé une relation avec notre corps, favorisant ainsi l’homéostasie interne.

Qu’est-ce que le microbiote?

Le microbiote protège contre les infections.

Les tissus humains sont l’habitat naturel d’une longue et dynamique liste de micro-organismes, principalement des bactéries. Quand on parle de microbiote, on se réfère à une communauté de petits êtres vivants capables de coloniser, de s’adapter et d’évoluer dans les tissus du corps tels que la peau, la bouche et le tractus gastro-intestinal.

Le microbiote qui habite l’épithélium intestinal humain est considéré comme l’une des communautés les plus peuplées au monde avec des chiffres compris entre 10 12 et 10 14 unités. Cet écosystème microscopique se compose d’organismes colonisateurs transitoires et d’autres qui le font de manière permanente.

La relation entre les tissus et le microbiote humain reflète un contexte symbiotique de grande étude. Autrement dit, alors que les bactéries remplissent diverses fonctions de protection et de métabolisme, le corps humain leur offre le lieu idéal pour se reproduire et vivre. En fait, cette communauté est devenue un organe de plus du corps humain.

Composition du microbiote intestinal

La flore microbienne du tractus gastro-intestinal intègre plus de 100 milliards de bactéries de 500 à 1000 espèces différentes. La répartition de l’écosystème bactérien est inégale, il est moins présent dans l’estomac ou le duodénum, tandis que son nombre augmente dans l’iléon et le gros intestin.

Les bactéries anaérobies strictes, qui ne dépendent pas du tout de l’oxygène, sont plus nombreuses que le reste du microbiote intestinal. En revanche, les genres les plus identifiés dans les études sur les selles sont les Bacteroides, Bifidobacterium, Eubacterium, Clostridium, Lactobacillus, Fusobacterium et divers Cocci anaérobies à Gram positif.

Cependant, la plupart des études visant à détecter et à classer l’écosystème intestinal sont encore très limitées. Par conséquent, il existe un grand nombre de genres et d’espèces non identifiés dans cet environnement.

Fonctions du microbiote

À l’heure actuelle, le microbiote humain n’est plus considéré comme un compagnon qui n’apporte aucun avantage. En effet, il constitue un système complexe d’organismes qui participent activement à la protection, à la nutrition et au renforcement du système immunitaire.

Une protection contre les agents nocifs

Cette fonction met en évidence la capacité du microbiote à agir comme une barrière de défense naturelle. Ceci en empêchant la colonisation d’agents pathogènes exogènes qui peuvent devenir dangereux pour la peau et les muqueuses du corps.

L’interférence dans la régulation des autres microorganismes est déterminée par la compétition qu’offre le microbiote pour l’espace et l’adhérence aux différents tissus. De plus, l’écosystème autochtone diminue le taux de nutriments nécessaires à la survie et à la reproduction d’autres agents externes.

D’autre part, la flore intestinale est capable de produire une grande quantité de substances bactéricides qui créent un environnement toxique pour les agents pathogènes. Parmi eux, les acides organiques, le peroxyde d’hydrogène et les bactériocines qui forment des pores dans les parois bactériennes et empêchent leur synthèse.

Par conséquent, la co-agrégation d’agents externes sur les surfaces épithéliales et muqueuses est assez limitée. Ce fait reflète la large symbiose de l’interaction hôte-microbe entre les humains et leur microbiote.

Nutrition et métabolisme

Les propriétés métabolisantes sont remarquables au niveau de la flore microscopique entérique, favorisant l’ensemble du processus de nutrition. Les mécanismes comprennent la fermentation d’hydrates de carbone non digestibles dans le côlon et le caecums, produisant de l’énergie pour les bactéries et les acides gras digestibles par la muqueuse.

Par ailleurs, ces microorganismes participent également à la production de nutriments essentiels tels que la vitamine K, la vitamine B12, la biotine, l’acide folique et l’acide pantothénique. De plus, ils participent à la synthèse des acides aminés en métabolisant l’urée et l’ammoniac non absorbé.

Développement et renforcement du système immunitaire

Les microorganismes en général participent directement et continuellement à la maturation du système immunitaire. Le microbiote exprime des protéines et des sucres de surface reconnus comme étrangers, stimulant ainsi le développement des deux types d’immunité de l’organisme: innée et acquise.

En d’autres termes, l’écosystème autochtone offre un terrain d’entraînement efficace pour le système immunitaire qui commence dès la naissance de l’être humain. Ce qui facilite la réponse active et immunocompétente aux agents étrangers et hautement pathogènes.

Facteurs qui influencent le microbiote

Le microbiote peut être affecté par certains médicaments.

Chaque personne dispose d’une communauté particulière de micro-organismes non pathogènes. Elle est déterminée par le génotype, l’exposition postnatale, l’environnement et le régime alimentaire.

Le régime alimentaire reçu au cours des deux premières années de la vie est crucial dans le règlement de la flore intestinale. À la naissance, le tractus gastro-intestinal est stérile, cependant, il est rapidement colonisé au moment de l’allaitement et de la prise subséquente d’aliments solides.

En revanche, l’exposition environnementale et le type de régime alimentaire de chaque individu favorisent le jugement d’un microbiote ou d’un autre. De plus, l’utilisation inappropriée d’antibiotiques favorise l’apparition de perturbations dans la composition de notre écosystème microscopique.

Une relation d’interdépendance

Le microbiote des tissus humains est essentiel au développement de chaque individu, influençant en permanence le maintien de l’homéostasie.

Les preuves indiquent que l’interaction entre l’hôte et les microorganismes commensaux est très bénéfique, favorisant la nutrition et le renforcement du système immunitaire.

Enfin, l’équilibre adéquat dans la composition du microbiote natif est fondamental. Ses altérations peuvent effectivement déclencher des troubles immunitaires ainsi que des altérations inflammatoires et métaboliques dangereuses pour la santé.

  • Guarner F. Papel de la flora intestinal en la salud y en la enfermedad. Nutr. Hosp.  [Internet]. 2007;22(Suppl 2):14-19.
  • Icaza-Chávez M. Microbiota intestinal en la salud y la enfermedad. Revista de Gastroenterología de México. 2013;78(4):240-248.
  • Beltrán de Heredia M. Microbiota autóctona. Farmacia Profesional. 2017; 31(2): 17-21.
  • Belkaid Y, Harrison OJ. Homeostatic Immunity and the Microbiota. Immunity. 2017 Apr 18;46(4):562-576.
  • Ruff WE, Greiling TM, Kriegel MA. Host-microbiota interactions in immune-mediated diseases. Nat Rev Microbiol. 2020 Sep;18(9):521-538.
  • Man WH, de Steenhuijsen Piters WA, Bogaert D. The microbiota of the respiratory tract: gatekeeper to respiratory health. Nat Rev Microbiol. 2017 May;15(5):259-270.