Les germes: quels sont-ils, caractéristiques et types

Tous les micro-organismes ne sont pas des germes, mais tous les germes sont inclus dans un certain groupe de micro-organismes. Bien que les virus et les bactéries soient les plus connus, il existe d'autres types.

Rédigé et vérifié par el biólogo Samuel Antonio Sánchez Amador.

Dernière mise à jour : 13 mars, 2021

Selon la Global Burden of Disease Study (GBD), 95% de la population mondiale souffre d’un type de maladie. Sans aller plus loin, les infections des voies respiratoires inférieures et les maladies diarrhéiques causées par les germes sont une cause majeure de morbidité et de mortalité dans le monde.

Le concept de «germe» nous entoure partout. Effectivement, à l’intérieur et sur le corps humain, il y a environ 48 milliards de bactéries. En raison de leur présence dans le monde entier, les bactéries sont le deuxième contributeur à la biomasse terrestre – après les plantes -, accumulant 15% du total.

Ainsi, certains micro-organismes sont bons, certains sont neutres et certains sont des agents pathogènes. Au-delà du domaine de l’écologie, à quoi correspondent les germes? Ce terme fait référence à une petite fraction des êtres vivants qui habitent la Terre: ceux qui sont microscopiques et pathogènes.

Que sont les germes?

Selon l’Institut national du cancer des États-Unis, un germe est une bactérie, un virus ou un autre microbe qui peut provoquer une infection et une maladie. Ces êtres microscopiques sont caractérisés par leur pathogénicité potentielle: Il s’agit d’un attribut unique de chaque genre et espèce, qui permet au microorganisme en question de causer des dommages chez les hôtes sensibles.

Plus que des germes, le terme correct est toujours un pathogène biologique. Comme indiqué par le portail amBientech, ce terme désigne toute entité biologique capable de produire une maladie infectieuse chez un hôte – qu’il soit humain, végétal ou autre animal – qui est prédisposé.

Cet être vivant prédisposé à l’infection de manière biologique s’appelle un hôte. Un être vivant peut devenir l’hôte d’un germe en fonction des paramètres suivants:

1. Facteurs génétiques, âge, troubles physiologiques et maladies concomitantes: tous ces paramètres peuvent provoquer une dépression du système immunitaire, ce qui facilite l’entrée et l’établissement de germes.
2. Lieu de résidence et caractéristiques environnementales: selon l’endroit où vit un être vivant, il sera beaucoup plus susceptible de devenir l’hôte d’un germe ou d’un autre. Les animaux qu’un agent pathogène peut infecter sont une chose et ceux dont vous disposez en sont une autre.
3. Comportement et mode de vie: des paramètres tels que l’exercice, l’hygiène personnelle, l’alimentation, les contacts interpersonnels, la consommation de toxines et bien d’autres peuvent favoriser ou empêcher un germe d’atteindre un hôte humain.

Il est presque impossible de comprendre un germe ou un agent pathogène biologique sans son homologue hôte.

La relation entre les deux est une sorte de «danse évolutionnaire». La personne affectée développe et perfectionne son système immunitaire pour éviter l’infection, tandis que l’agent pathogène mute et change pour contourner les nouvelles barrières biologiques.

Les 6 types de germes

Une fois que nous avons introduit le terme et comment il se rapporte à l’hôte, nous sommes prêts à explorer les 6 types de germes. Ce sont des bactéries, des virus, des champignons, des protozoaires, des viroïdes et des prions.

1. Bactéries

Comme l’indique l’Institut national de recherche sur le génome humain, les bactéries sont des organismes procaryotes – leur ADN cellulaire est libre dans le cytoplasme – unicellulaires et cosmopolites. Ils se trouvent dans presque toutes les régions de la Terre et ont des tâches écosystémiques essentielles, telles que le recyclage de la matière organique et la production d’oxygène.

Au-delà de leur sens contagieux, de nombreuses bactéries sont des commensaux de l’être humain – elles ne font ni du bien ni du mal -.

Selon le Scientific Culture Notebook, la quantité de bactéries sur Terre atteint 70 gigatonnes de carbone, soit 15% de la matière organique totale dans le monde.

Voici quelques-unes des caractéristiques typiques de presque toutes les bactéries:

1. Comme les cellules eucaryotes, les bactéries possèdent un cytoplasme, une membrane cellulaire, des ribosomes – chargés de synthétiser les protéines – et un ADN bactérien. Dans tous les cas, l’ADN est libre dans le cytoplasme et n’est pas délimité par une membrane nucléaire. Les bactéries peuvent également avoir des capsules, non présentes chez les eucaryotes.
2. Les bactéries sont petites, elles doivent donc être examinées au microscope. Leur longueur est comprise entre 0,5 et 5 micromètres. Malgré leur taille minuscule, elles ont des formes très variées, comme les Cocci, les bacilles et les spirilles.
3. Certaines bactéries utilisent des torsions corporelles, des cils et des flagelles pour se déplacer dans l’environnement.

Toutes les bactéries ne sont pas pathogènes, mais certaines d’entre elles sont responsables de maladies très graves chez l’être humain.

Certaines bactéries connues pour leur capacité infectieuse sont celles du genre Salmonella, Shigella ainsi que les espèces Campylobacter jejuni, Clostridium botulinum, Staphylococcus aureus et Vibrio cholerae.

2. Virus

Comme l’indique le portail Kids Health, les virus sont encore plus petits que les bactéries (de 10 à 300 nanomètres) et ne sont même pas pleinement considérés comme des êtres vivants.

Ils n’ont pas de véritable structure cellulaire, car ils sont dépourvus de cytoplasme, de ribosomes et d’autres organites. La plupart des virus sont composés d’ADN ou d’ARN libre et d’une capside ou capsomère, fabriqués à partir de protéines.

Puisqu’ils n’ont pas de cellules, ils ne sont pas capables de se reproduire. Et comme ils ne peuvent pas se reproduire, ils ne sont pas considérés comme des êtres vivants. Plus que des micro-organismes, ils sont appelés agents infectieux, car ils ne peuvent pas vivre sans leur hôte ou rester longtemps dans l’environnement.

Pour que la division cellulaire se produise, un micro-organisme doit avoir un noyau et des ribosomes, qui synthétiseront les protéines nécessaires pour donner naissance à de nouvelles structures. Les virus n’ayant pas ce mécanisme doivent «détourner» les cellules de leur hôte et en profiter pour se répliquer.

Selon le portail CK12, une fois à l’intérieur de la cellule infectée, les virus utilisent leur ATP, leurs ribosomes, leurs enzymes et d’autres parties de celui-ci pour se répliquer. C’est-à-dire multiplier leur information génétique et donner naissance aux protéines nécessaires pour former des capsides. Lorsque les virus quittent le corps cellulaire, cela provoque souvent leur mort ou leur apoptose.

Certains des virus typiques qui infectent les humains sont les suivants: virus de la grippe A et B , virus du papillome humain (HPV, avec plus de 200 variantes), norovirus , cytomégalovirus et bien d’autres.

L’épidémiologie des virus

L’épidémiologie est la branche de la médecine chargée d’étudier la distribution, la fréquence et les facteurs déterminants des maladies existantes dans une zone géographique donnée, surtout si elles sont causées par des virus.

Grâce à ce domaine de recherche, on sait, par exemple, que jusqu’à 20% de la population mondiale a la grippe à un moment et à un endroit donné.

3. Protozoaires

Comme l’indique la clinique Mayo , les protozoaires sont des êtres unicellulaires légèrement plus «avancés» sur l’échelle de l’évolution. Ils se comportent plus ou moins comme des animaux, chassant et ramassant d’autres microbes pour survivre. Ces germes vivent dans des environnements humides ou aquatiques, tels que les eaux salées et douces et les environnements internes des êtres vivants.

Les protozoaires mesurent 10 à 50 microns, ils sont donc beaucoup plus gros que les virus et les bactéries. Cependant, leur diversité taxonomique est plus faible: environ 30 000 espèces au total sont connues dans le monde.

En tant que prédateurs, ces êtres ont des cils et des flagelles et chassent les algues, les bactéries et les microchampignons unicellulaires ou filamenteux.

Bien que tous les protozoaires ne soient pas des agents pathogènes humains, certains d’entre eux sont très dangereux. De plus, beaucoup utilisent des vecteurs invertébrés pour nous atteindre, comme les moustiques, les tiques ou les sangsues.

Maladies protozoaires les plus courantes

• Paludisme: il est également appelé paludisme et est causé par des protozoaires du genre Plasmodium, transmis par la piqûre d’un moustique. On estime que le paludisme affecte plus de 200 millions de personnes dans les pays à faible revenu, causant 400 000 décès par an.
• Trypanosomiase (maladie du sommeil): une maladie causée par des protozoaires du genre Trypanosome. Cette pathologie évolue par vagues épidémiologiques, mais heureusement, son incidence globale s’est considérablement ralentie.
• Leishmaniose: causée par des protozoaires du genre Leishmania. Cette maladie va de formes bénignes, qui affectent la peau avec une trépointe, à des conditions mortelles, qui enflamment et endommagent irrémédiablement le foie et la rate.

Comme vous l’avez vu, de nombreuses maladies protozoaires sont transmises par la piqûre d’insectes et d’autres arthropodes. Par conséquent, sa prévalence augmente considérablement dans les régions tropicales, où l’indice de biodiversité est élevé.

4. Champignons

Le royaume des champignons englobe tous les champignons, des moisissures aux levures, en passant par les mycoses et de nombreux autres types. Ils diffèrent des plantes en ce qu’ils sont hétérotrophes – ils tirent leur énergie de la matière organique – et leur paroi cellulaire est composée de chitine et non de cellulose.

Les champignons pathogènes sont ceux qui causent des dommages aux humains. La plupart d’entre eux de taille microscopique, bien qu’ils soient eucaryotes. La mycologie médicale est chargée d’étudier et de prévenir les effets des infections de quelque 300 espèces de ce royaume qui peuvent nous infecter.

Certains des champignons considérés comme des germes font partie du groupe des dermatophytes. Selon le SEIMC, ce sont des agents pathogènes qui se déposent sur les couches superficielles de la peau, des cheveux et des ongles. Certains attaquent la kératine, tandis que d’autres concentrent leur attention sur des structures plus spécialisées.

La teigne, les infections des ongles et la candidose sont considérés comme certains types de pathologies causées par les dermatophytes. En plus de ceux-ci, il existe d’autres champignons qui causent des maladies beaucoup plus graves, telles que l’aspergillose pulmonaire. Lors de cette pathologie mortelle, les hyphes du champignon se développent dans les poumons du patient.

5. Viroïdes

Nous passerons peu de temps sur ces germes, car ce sont des pathogènes biologiques rares et un peu difficiles à comprendre. Les viroïdes sont similaires aux virus, mais encore plus simples. Ceux-ci manquent de lipides et de protéines, ils ne sont donc constitués que d’un court brin cyclique d’ARN.

Ils sont le niveau le plus bas de l’échelle biologique, car ils ne peuvent pas être plus simples et il est impossible de les classer comme êtres vivants. Les viroïdes sont des agents pathogènes typiques des plantes. Environ 300 espèces parmi eux ont été décrites et affectent les plantes supérieures.

6. Prions

Un prion est une protéine mal repliée capable de transmettre sa forme non fonctionnelle à d’autres protéines. Ces protéines provoquent des encéphalopathies spongiformes transmissibles, telles que l’épidémie extrêmement médiatisée de la maladie de la vache folle. Étonnant qu’une structure aussi simple puisse générer une pathogénicité chez l’être humain, n’est-ce pas?

Les germes sont complexes et très variés

Nous vous avons présenté ici les 6 types de germes qui existent sur Terre, en plus de toutes leurs caractéristiques et exemples de maladies qui peuvent nous causer.

Sans aucun doute, les agents viraux et bactériens ont le dessus en matière d’ infectiosité. Mais il ne faut pas oublier les champignons et les protozoaires.

Enfin, il est très intéressant de savoir que des structures de base telles que les viroïdes et les prions peuvent provoquer des décès. Ils ne sont même pas considérés comme des entités cellulaires. Par conséquent, trouver la raison biologique de leur existence est un véritable casse-tête.